基因地牢是一款rougelike类型的动作游戏。以2D俯视角操控游戏角色在充满陷阱与障碍物的房间中利用类似台球游戏中的冲撞以及由此衍生出的物理效果与敌人战斗。每一局游戏包含数个场景，每个场景由数个房间构成，而房间的内容(包括敌人、道具、障碍物和陷阱等)均为按照一定规则随机生成的。

基因地牢发生在一座生物工厂中，这座工厂由一个外星机械生命体 (小机器人) 建立，目的是利用该工厂所在星球上的生物资源，通过反复试验和训练，打造出一个足够强大的生命体并输送给小机器人的母星。